Add agent instructions, architecture doc and usage examples (English)

README.md

@@ -7,7 +7,12 @@
 - **Memgraph** — графовый срез (связи атомов, зависимости кода).
 - **Единица знания** — типизированный атом: text | definition | logical_rule | code | table | fact.
 
-Полный план: [ROADMAP.md](./ROADMAP.md)
+## Документация
+
+- [AGENTS.md](./AGENTS.md) — **инструкция для агента** (English): какой инструмент для какого вопроса, цикл исследования, типичные ошибки.
+- [ARCHITECTURE.md](./ARCHITECTURE.md) — архитектура: слои хранения, модель данных, потоки, MCP-инструменты.
+- [EXAMPLES.md](./EXAMPLES.md) — примеры работы с базой знаний (English), включая анти-примеры.
+- [ROADMAP.md](./ROADMAP.md) — план развития.
 
 ## Структура
 
@@ -18,7 +23,7 @@ pegas_memory/
   embedding.py     — EmbeddingGemma 2 через Ollama (dim=768)
   qdrant_store.py  — векторный срез
   memgraph_store.py— графовый срез
-  atoms.py         — модель атома, дистилляция, верификация
+  distill.py       — дистилляция чанка в атомы (LLM)
   ingest.py        — парсеры text/pdf/epub/web
   outbox_sync.py   — PG → Qdrant + Memgraph
   research.py      — цикл исследования пробелов